Задача сделать так, чтобы выполнение скрипта для бэкапа не сказывалось на
производительности приложений
с интенсивными дисковыми операциями.
Решение - понижение приоритета скрипта в планировщике ввода/вывода CFQ, который
включен в Linux ядро,
начиная с версии 2.6.13, и используется по умолчанию начиная с 2.6.18.

Проверяем, что активный планировщик у нас CFQ:

   for d in /sys/block/sd[a-z]/queue/scheduler; do echo "$d => $(cat $d)" ; done
   Видим: /sys/block/sda/queue/scheduler => noop anticipatory deadline [cfq]

Запускаем скрипт бэкапа с пониженным приоритетом:
 
   nice -n 19 ionice -c2 -n7 backup.sh

утилитой nice с самым низким приоритетом вызываем утилиту ionice cо 2  классом планировки (
1 - real time, 2 - нормальный режим, 3 - работа только в моменты простоя (idle)) 
и самым низким уровнем приоритета (7).

Если процесс все равно мешает, можем на лету перевести его в idle режим:

   ionice -c3 -p 1004

или изменить приоритет планировщика:
   
   renice 19 -p 1004

Где 1004 - PID процесса.