1. Монтируем новый жесткий диск.

2. Создаем разделы на новом диске с помощью fdisk (для freebsd /stand/sysintall
или /usr/sbin/sysinstall). Создаем файловую систему.

3. Копируем файлы на новый диск (кроме каталога /mnt, не допускаем рекурсии !!!)
   find / -xdev | cpio -pdumv /mnt/new    - на каждый раздел.
   или tar cf - /bin /usr /etc д.р.| tar xf - -C /mnt/new
   или cd /mnt/new; dump -0u -f - /директории| restore -r -f -
   или cp -Raxv / /mnt/new  - на каждый раздел.
   или pax -r -w -p e / /mnt  (говорят копирует гораздо быстрее чем dump/restore)
   или просто копируем в Midnight Commander'е (не рекомендуется).

   Лучший способ - dump/restore или rsync, иначе можно потерять расширенные атрибуты и ACL.

4. Редактируем /mnt/new/etc/fstab

5. Создаем с помощью /dev/MAKEDEV недостающие устройства (для нового типа диска).

6. mkdir /mnt/new/proc /mnt/new/mnt

7a. Только для Linux: правка /etc/lilo.conf и запуск lilo -r /mnt/new -b /dev/hdb
   При возникновении ошибки при загрузке:
   Было:
   boot=/dev/sda
   default=linux-up
   image=/boot/vmlinuz-up
        label=linux-up
        root=/dev/sda2
        initrd=/boot/initrd-up.img
   
   Предположим, что дубликат размещен на /dev/sdb, тогда меняем boot=/dev/sda на boot=/dev/sdb
   и добавляем:
   disk=/dev/sdb
      bios=0x80
   
  Выполняем lilo -r /mnt/new и не забываем убирать исправления из lilo.conf.

7b. Для freebsd загрузчик устанавливается после разбиения диска на разделы через sysintall.
PS. Если диски одинаковые можно использовать dd if=/dev/hda of=/dev/hdb,
   если разделы одинаковые: dd if=/dev/hda1 of=/dev/hdb1