1. Без полной таблицы невозможно вычислить оптимальный маршрут. Роутить трафик сразу и переключать маршруты по мере наполнения таблиы — некорректное дестабилизирующее поведение для большинства сетей. Главные проблемы с таким подходом это непредсказуемый джиттер и беспорядочная доставка пакетов. И то, и другое в значительной мере ухудшает качество обслуживания клиентов, особенно VoIP.
2. Route flap и Link flap должны вызывать срабатывание защиты и блокировку маршрута (линка) до его стабилизации.

Дестабилизация рано или поздно приводит к каскадным отказам. В небольших примитивных сетях, которые можно аппроксимировать как свитч, проблемы скорее всего не будут заметны, пока размер и (или) сложность сети не превысит определённый порог. Просто в силу того, что изменения распространяются почти мгновенно и резонанс не успевает сформироваться в достаточно мере.

Зачем из агрегатора делать основной маршрутизатор я не понимаю, он для этого просто не предназначен. Жаловаться на то, что в него физически невозможно напихать карт так же глупо, как жаловаться на то, что с велосипедом неудобно плавать. Для высокой плотности у циско есть 8800.

Вообще, я понимаю желание построить SDN из подручных материалов, особенно из опенсорсных. Но без внятного описания устройства сети и выполняемых задач это не опыт, а просто байки очередного локалхостного фантазёра.